Modell der Dnmt2 im Komplex mit tRNA

10. April 2014 /

Neue Veröffentlichung in Nucleic Acids Research

Unerwartete Spezifität einer bakteriellen RNA Methyltransferase gefunden

Die Dnmt2 Enzymfamilie wurde durch Sequenzvergleiche mit DNA-Methyltransferasen entdeckt. Später wurde in einer bahnbrechenden Arbeit gezeigt, dass das Hauptsubstrat von Dnmt2 tRNA-Asp ist (und nicht DNA), ein Befund, der für Dnmt2 Enzyme aus verschiedenen Spezies bestätigt wurde. Wir zeigen jetzt unerwarteterweise, dass Geobacter Dnmt2 bevorzugt Geobacter tRNA-Glu methyliert und nicht tRNA-Asp, was einen Tausch der Substratspezifität anzeigt. Wir stellen dieses Ergebnis in den Zusammenhang mit dem Erwerb der Dnmt2 von Geobacter durch horizontalen Gentransfer. Basierend auf den Sequenzen der bekannten Dnmt2 Substrate und Nicht-Substrate der Geobacter Dnmt2 konnten wir erkennen, dass der Variable Loop eine wichtige Rolle bei der Erkennung von tRNA durch Dnmt2 spielt (dargestellt durch den roten Pfeil in der Abbildung). Interessanterweise stellte sich heraus, dass der gleiche Erkennungsprozess auch im menschlichen DNTM2 Enzym so abläuft, so dass unsere Studie eines bakteriellen Enzyms zur Identifizierung einer bisher unbekannten Grundlage der tRNA- Erkennung durch das menschliche DNMT2 Enzym geführt hat, die sicherlich helfen das Verständnis der Funktion dieses Enzyms zu vertiefen.

 
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