Neue Veröffentlichung in "Epigenetics & Chromatin"

Neue Veröffentlichung in "Epigenetics & Chromatin"

Nukleosomen tragen mehr als 50 verschiedene posttranslationale Modifikationen, von denen etwa 20 intensiv untersucht werden. Daher können einzelne Nukleosomen komplexe Muster verschiedener Modifikationen tragen, die diverse funktionelle Zustände kodieren könnten, ein Konzept, das als "Histon-Code" -Modell eingeführt wurde. In dieser Veröffentlichung stellen wir einen neuen Ansatz vor, um das genomweite Co-Auftreten von zwei Chromatin-Modifikationen in einem einzigen Schritt-ChIP-ähnlichen Experiment zu analysieren. Unsere Strategie verwendet synthetisch gekoppelte Lesedomänen, um doppelt modifizierte Mononukleosomen gezielt nachzuweisen. Wir validieren ein Reagenz dieser Art und zeigen, dass es spezifisch an Mononukleosomen bindet, die H3K9me3- und H3K36me2/3-Modifikationen enthalten. Mit Hilfe unserer konstruierten Doppellese-Domäne haben wir die genomweite Verteilung von H3K9me3-H3K36me2/3 doppelt markiertem Chromatin ermittelt und zeigen, dass es in einer nicht-zufälligen Verteilung auftritt und einen neuen Chromatin-Zustand darstellt, der mit schwach transkribierten Chromatin- und Zinkfinger-Bindungsstellen assoziiert ist. Wir gehen davon aus, dass dieser experimentelle Ansatz eine neue Dimension der Analyse dem konventionellen ChIP-Assay hinzufügen wird und er die Untersuchung von komplexen Chromatin Modifikationen revolutionieren wird.